Endoskopi cihazları 8,10 milimetre kalınlıkta bükülebilir bir boru ve kendisine ait ışıklı bir kameraya sahiptir. Işıklı kamerası ile sindirim sistemini görüntülememizi sağlar. Elde ettiği görüntüleri ekrana yansıtır ve doktorun, organların iç yüzeyleri hakkında detaylı bir değerlendirme yapmasını sağlar. Endoskopi sırasında hastanın nabız durumu ve oksijen seviyesi gözetim altında tutulmaktadır. Doktor endoskopi sırasında şüpheli bir duruma rastlar ve gerekli görürse kesin tanı koyabilmek adına doku parçası alabilir. Tüm bunların yanı sıra tespit ettiği kanamayı durdurabilir ya da zararlı polipleri çıkartabilir. Üst sindirim organlarının görüntülenmesi için kullanılan gastroskopi 3-5 dakika içinde tamamlanırken kalın bağırsağın incelenmesi için uygulanan kolonoskopi işlemi 15–20 dakikalık bir zamanda tamamlanabilir. Gastroskopi işleminin öncesinde hastalardan 6 saat boyunca bir şey yememeleri istenir. Kolonoskopi öncesinde ise hastanın bağırsak temizleyici ilaçlar kullanması gerekir. Hastalar için hiçbir ağrı veya acıya neden olmayan endoskopi uygulamasının daha konforlu seyredebilmesi için hafif uyku yapıcı ilaçlar kullanılabilir.
Endoskopinin ardından hastalar hiçbir sorunla karşılaşmazlar. Nadiren boğazlarında bir ağrı hissedebilirler fakat bu da endoskopiden sonraki 48 saatlik sürede kendiliğinden geçecektir. Beklenmeyen sorunlarla karşılaşıldığında ise geç kalınmadan doktora başvurulması gerekir.