Ülser, mide kanseri veya gastrit gibi hastalıklarda tanı koyabilmek için başvurduğumuz endoskopik biyopsi, kişinin midesinden bir doku alınıp incelenmesi işlemidir. Biyopsi ile mideden alınan doku örneği, laboratuvarda incelenir ve zararlı bakterilerin varlığı tespit edilebilir. Hastanın midesindeki değişimler gözlenebilir. Yapılan bu tetkiklerin sonucunda hastanın midesinde bulunan zararlı bakterilerin büyüme eğiliminde olup olmadıkları tespit edilebilir.
Doktor hastanın yaşadığı nedeni belirsiz kilo kayıplarını, karın ağrılarını ve dışkısındaki değişikliklerin altında yatan sebepleri araştırmak için mide biyopsisi isteyebilir. Mideden alınan doku örneği sayesinde ortada bir enfeksiyon olup olmadığını anlar. Bir kanser şüphesi olup olmadığını bu dokular üzerinden test eder. Endoskopik biyopsi fiziksel muayene yapılmasına, nefes ve kan testleri uygulanmasına rağmen, nedeni tespit edilemeyen mide problemlerinin araştırılmasında kullanılır.